Насколько я понимаю, здесь две проблемы:
1. Каждый пользователь CRM видит все контакты - решается правильной раздачей прав.
2. После запуска Outlook (с установленным Desktop клиентом) происходит синхронизация всех контактов из CRM c контактами Outlook.
Решить п.2, насколько я помню, относительно просто:
Запускаем regedit
до первого старта outlook клиента. HKCU->Software->Microsoft->MSCRMClient. Ключ SyncContact выставляем в 0.