Ну так, что мы в итоге поняли друг друга или нет?
По-моему, учет НДС ведется так.
На 68 счете копится Сумма НДС проданных товаров - Сумма НДС купленных товаров. Это именно та сумма, которую мы должны заплатить в бюджет. Потом мы совершаем платеж в бюджет, формируя проводку 68/51. Вот и все. По-моему, в Attain c учетом НДС все нормально. (И да простят бухгалтера мою неграмотность
)
Может быть, есть проблемы с общей настройкой НДС?