[Zodiak]

честно говоря, по описанным требованиям большой разницы в трудоемкости настройки доступа между подходами не вижу. Доступ придется настраивать на уровне записи и в том, и в другом варианте, за исключением, наверное, "4. Все экономисты видят все платежи и все продажи, но только в рамках своей компании.", что при разделении на компании отработает автоматически))).
Если у вас каждое юрлицо однозначно работает со своим набором складов, то с себестоимостью проблем тоже быть не должно.
С другой стороны, при использовании одной компании вы:
1. избежите массы вопросов при построении отчетности, особенно учитывая "5. С точки зрения владельцев компании холдинг это единое целое ";
2. получите некоторую возможность дальнейшего расширения, т.к. "1. Холдинг состоит из компаний торгующих однотипными товарами разных производителей.". т.е. (теоретически!) если появится новая группа производителей, придется создавать новую компанию.