Попробую я ответить, можно ?
Наши настройки для импортных товаров такие:
Учет идет по партиям, отслеживаются номера ГТД. Ни номер ГТД, ни номер партии в заказах не фигурируют, подцепляются на этапе резервирования (как автоматически, так и вручную).
Обратить внимание:
1. Настройки для ГТД и Партий одинаковы.
2. Флаг "Физическое наличие" установлен (иначе в минус запросто можно уйти).
3. Флаг "Перенос" снят, что заставляет программу при переносах со склада на склад тащить эту аналитику вслед, а не требовать от пользователя.
4. Флаг "Пропуск для расходов" установлен, что позволяет (и требует!) в заказах не указывать эту аналитику.
Вроде, особенностей больше нет.