если с холдингом много операций, то возможно на его юрлица можно завести отдельные счета расчетов и сводить по ним сальдо.
"простым сопоставлением тут уже не закрыть задолженность. "
делайте взаимозачет в общем журнале ГК.
Кредитные лимиты - доработка.
__________________
|