Думаю, импорт изменений в верхний слой был бы далеко не самым лучшим решением, т.к. конечный пользователь по неадеквату может установить обновление на приложение, где в верхнем слое лежат его модификации... А так хоть старые слои в \Old можно скопировать и проект обновления построить.
Я ни в коем случае не защищаю текущую модель обновления, - мне она самому далеко не по душе и рассчитана на идеальный мир, в котором у всех клиентов стоит стандартное приложение
Посему, прилагаю пример джоба, который позволяет автоматом построить проект обновления, содержащий только объекты непосредственно данного обновления (без зависимостей).
На входе необходимо задать имя проекта и путь к *.txt файлу, который вкладывается в каждый архив обновления и содержит перечень измененных объектов (имена имеют формат kbXXXXX_glp_ee.txt, kbXXXXX_syp_ee.txt).