В CRM Explorer выберите в дереве нужный вам ресурс и щелкните правой кнопкой. В меню выберите Add to packaging project. Теперь ваш скрипт - часть проекта CRM Package. Вы можете использовать полноценный VS редактор с зачаточной поддержкой IntelliScene и без каких либо ограничений по символам. Деплой пакета (F5) развернет в том числе и обновления всех ваших веб ресурсов. Остается только опубликовать все настройки (если это еще не автоматизировано) и пользоваться.
С появлением Toolkit я забыл как страшный сон про встроенные веб редакторы и plugin registrator. Даже пост про него написал:
http://www.axforum.info/forums/blog.php?b=276