[Alexius]

1. "Главная книга / Периодические операции / Пересчитать сальдо по периодам" вдруг поможет, но на большой базе лучше выполнять во вне рабочее время или в копии.
2. Попробуйте найти день, где идет расхождение, что бы сузить круг поиска.