Проблему удалось решить перестроением ключей на таблице "Стоимость Операция".
До этого ключи были оптимизированны с помощью сервисного задания "реорганизация", и результаты по мастер таблицам были хорошими -Total fragmentation 0,38 - 0,90%, а вот статистика нифига не обновлялась. В итоге работы пакетного задания "Коррекция себестоисоти" сразу за полгода таблица "Стоимость Операция" подросла раза в два.
Больше сервер не сваливался в full scan. Всем спасибо за участие в разборе моей проблемы (как оказалось довольно тривиальной)