При решении подобной задачи следует сначала ответить на вопрос:
а что на самом деле представляют собой эти компании? Если это по сути одна компания, дествующая как единое целое, и разделена на 2 юр. лица токльо из соображений налогового учета, то жить должны в единой компании (тогда аналитика и т.п.) Если это реально отдельные компании, действующие как самостоятельные единицы, и требуется просто консолидация фин. отчетности, то тогда это 2 разные компании, Commerce Gateway и т.д. (в идеале для лицензионной чистоты еще и 2 разные инсталляции
)