Внесу еще 5 копеек в эту тему.
Обычно, разработка ведется на одном слое. В моём случае это CUS слой.
Можно сделать проект:
Потом применить перекрестные ссылки к компиляции:
![Название: 2020-06-29_10-19-48.jpg
Просмотров: 944
Размер: 34.8 Кб](//axforum.info/forums/attachment.php?s=a747a9ad6dc8458613049fd3903a6059&attachmentid=12863&d=1593415285)
Скомпелировать проект и, через пол часа получить перекрестные ссылки по всем изменениям в CUS слое.
Только нужно не забыть выключить генерацию перекрестных ссылок после этого. Иначе, каждая компиляция будет длиться немного дольше обычного.