Если у вас возникла такая проблема, это означает что вы вторичную валюту используете не по назначению
А если вы (очень) хотите что то не по назначению использовать, то придется подшлифовывать. Сделайте еще одно поле в ledgerjournaltrans для вторичного курса, загрузите с курсом в это поле типа custom secondary exch rate и перепишите процедурку проведения, что если в этом поле не ноль, то брать отсюда, а если 0 - то брать из справочника.