мы для массовой настройки использовали
http://xrmtoolbox.codeplex.com/
там есть Sync Filter Manager
Как я понимаю они делают фильтры на основе представлений.
Только учтите, что в представлениях у Вас всегда указан order, а в фильтрах нет.
так о мы создавали отдельные представления.
из них через БД удаляли order