Если база одна, а под организацией понимается компания в АХ, то можно использовать механизм трансляции, например, заодно и план счетов сконвертится.
Если нужно только сальдо, то построить оборотку на нужную дату и завести через ЖГК.
Если это перенос не только сальдо ГК, то см тему по переносу начальных данных, там все подробно было расписано.
DAX: Процедура ввода начальных остатков