даже если напечатаешь ERD по всему navision - сильно это не поможет.
пользователи оперируют не таблицами, а формочками и отчетами, которые они видят на экране.
ИМХО, нужно:
1. понять, кактие функциональные области используются в первую очередь (финансы, сервис-центр, основные средства etc)
2. прочитать пользовательские мануалы по этим модулям. схема данных сама построится, в уме
3. прочитать инструкции пользователей, если они у вас писались
желательно иметь лицензию разработчика. если она есть - можно всегда посмотреть, на каких данных построена та или иная форма, отчет etc (CTRL +F2).