Вроде удалось исправить проблему, теперь для метода расчета "Строка" (в параметрах ГК на вкладке Налог) итоги по заказу на продажу считает верно. Нужно закоментировать кусок кода в методе calc() класса TradeTotals. На предыдущем glp этого кода не было.
