Из всего списка пока готов признать только отсутствие планирования с учетом цепочек поставок. Хотя на этот счет есть решения партнеров (по моему, сколько партнеров, столько и решений
). По остальному - ну так Вы сформулируйте, что Вы хотите от Аксапты. По моему, вполне можно эти случаи алгоритмизировать и свести к использованию того функционала, который есть. Заодно станет понятно, где появляется слишком много ручного труда, который можно заменить вычислениями. Вот там и надо рыть. А не так, что "все снесем и построим заново".