Все папки прекрасно настраиваются через Site Map, в том числе и иконки для них (если я правильно понимаю о чем речь).
Например у меня была задача сделать папку для HR вместо Marketing, содержащую только контакты и группы (листы маркетинговые).
Customizations -> Export -> Экспортируем только Site Map.
Редактируем. Что нужно добавляем, что не нужно удаляем.
Вот пример куска XML:
Код:
...
<Area Id="MA" ResourceId="Area_Marketing" Icon="/_imgs/resourcecenter_24x24.gif" DescriptionResourceId="Marketing_Description" Title="HR Contacts">
<Group Id="MA">
<SubArea Id="nav_conts" Entity="contact" />
<SubArea Id="nav_lists" Entity="list" />
</Group>
</Area>
...