[Ivanhoe]

Накладная уже проведена, как накладные расходы помогут?

Если говорить про технику, для одного клиента делал накладные постфактум на заказы, разноска шла на счета ГК и суммы учитывались в кастомном отчете по марже сделки.

Но начинать надо с учета. Выставляйте кредит-ноту - тем самым уменьшая задолженность клиента. Или давайте скидку на следующий заказ. Или используйте функциональность контрактов на объем с их скидками.