На форуме уже обсуждалась подобная проблема. Поищите.
Можно выполнять обновление перекрестных ссылок частями: в начале классы, потом таблицы, затем формы и так далее.
А в пакетнике?
По форуму искал (я сначала делаю это действие), но толком ничего не нашол.