А мне кажется что такой вот фильтр SETFILTER("Variant Filter",'%1',''); покажет вам все записи, нужно ставить SETFILTER("Variant Filter",'%1',''''''); тогда покажет только записи с пустым Variant Filter
Вам это только кажется
Кстати, можете на карточку товара поставить SETFILTER("Variant Filter",'%1',''). А потом открыть карточку и посмотреть вручную - фильтр будет стоять.