Я правильно понимаю, что при сравнении используется таблица SqlDictionary, или она в данной синхронизации не участвует? Просто если размер меняется изначально в этой таблице, можно было бы отловить что меняет запись.
Да, правильно.
Сделайте полную синхронизацию везде и везде почистите SysSqmSettings
А еще лучше отключить синхронизацию табличек на старте аоса. От него только тормоза.